2016年3月两会期间，李克强总理提出“2017年基本实现异地就医住院费用直接结算”。根据国务院的工作要求和金保二期工程的总体部署，本着“任务紧急、特事特办”的原则，人社部立即组织推动了顶层设计工作，并形成了系统基本框架。

2016年4月，人社部召开新闻发布会，提出异地就医结算项目具体目标。

2016年9月，人社部信息中心贾怀斌主任主持召开项目启动会。项目由四川久远银海软件股份有限公司承建的。

2016年12月15日，历经90多天艰苦奋战，国家异地就医结算平台的结算子系统顺利通过初步验收并进入试运行阶段。

2016年12月20日，人社部召开基本医疗保险全国联网和异地就医直接结算工作视频会，游钧副部长对推进跨省异地就医住院医疗费用直接结算工作进行了全面部署。人社部与北京等22个申请首批启动基本医疗保险全国联网和跨省异地就医直接结算的省份签订了工作责任书。

2017年1月17日15时51分21秒，吉林省参保人李女士在解放军总院海南分院办理出院手续，通过国家异地就医结算平台，完成医疗费用即时结算。这是国家跨省异地就医结算平台上线运行后，全国第一例通过该平台实现跨省异地就医即时结算的案例。这也标志着人社部统一部署的全国跨省异地就医结算工作正式落地，迈出关键一步。

2017年3月5日，李克强总理在政府工作报告的“2017年重点工作任务中”提出：“在全国推进医保信息联网，实现异地就医住院费用直接结算。”

2017年3月24日，国家异地就医结算平台的统计分析、协同管理子系统，以及互联网上的查询服务子系统正式上线运行，域名“si.12333.gov.cn”正式发布。

截至2017年7月，全国31省份和新疆生产建设兵团均接入国家异地就医结算系统，开通393个地区，占98%，开通5241家跨省异地就医住医疗费用直接结算定点医疗机构。

按照金保工程二期工程的总体规划，依托金保工程网络，以社会保障卡为载体，以“就医地目录、参保地政策”、“实时传大类，事后传明细”为原则，实现参保人员跨省就医费用直接结算。

系统支持以就医地管理为主的两定机构费用审核和定期拨付，实现地区间定期清算划拨；支持跨省异地就医联网结算业务协同办理，为跨省就医人群提供便捷高效的医疗费用直接结算服务。

系统包括异地就医结算、统计分析、查询服务、协同管理四大子系统。

系统作为跨省异地就医数据交换中心，承担各地数据交换功能；作为跨省异地就医基金清算中心，承担异地就医费用对账、清算、监控功能；作为跨省异地就医数据资源中心：承担参保人异地就医备案信息、基础目录信息、协议定点机构信息、就诊和结算支付信息存储功能，并进行数据分析应用。

为“推动京津冀协同发展”贡献一份力量是国家异地就医结算系统承担的重要职责和光荣使命。

2017年2月，北京正式接入国家异地就医结算系统，并于同月在北京大学人民医院，通过国家平台完成了京津冀三地间的第一笔异地即时结算，来自天津的李先生共发生医疗费用16611元，其中个人现金支付10442元，其余费用均通过异地就医即时结算处理。

2017年3月，在天津泰达国际心血管病医院，产生了天津与河北间通过国家平台结算的“第一单”，来自河北的郭先生共发生医疗费用4322元，其中个人现金支付483元，其余费用均通过异地就医即时结算处理。

2017年1月，河北正式接入国家异地就医结算系统，3月，在中国医学科学院肿瘤医院，河北通过国家平台完成了与北京间的第一笔异地即时结算，来自河北的刘先生共发生医疗费用4045元，其中个人现金支付224元，其余费用均通过异地就医即时结算处理。4月，为便于首钢集团北京职工在河北曹妃甸区和天津铁路系统职工在唐山市异地就医，服务于这部分人员，正式开通了曹妃甸区、唐山市跨省异地就医结算定点医院。截止2017年5月，河北全省所有统筹区已全部完成接入。

截止2017年7月底，北京、天津以及河北已分别有676家、39家、100家医院接入家异地就医结算系统。北京所有有床位的定点医疗机构已全部开放。

国家异地就医结算系统的上线运行，对京津冀三地协同发展、促进融合、增强合力具有重要意义，将为促进京津冀优质医疗资源合理配置、有序疏解北京非首都功能、推动京津冀一体化战略发展发挥重要作用。